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浙江农林大学1个裸子植物基因组测序分析


公告类型: 单一来源     省份: 浙江     发布时间: 2020-01-10 00:00

公示简要说明:/

一、 采购人名称:浙江农林大学

二、 单一来源编号:singleSource202001392838203

三、 采购项目名称:浙江农林大学1个裸子植物基因组测序分析

四、 采购组织类型:分散采购

五、 采购项目概况:

标项序号标项名称数量预算金额(元)单位简要规格描述备注
1浙江农林大学1个裸子植物基因组测序分析11000000

六、 拟采用的采购方式:单一来源

七、 申请理由: 本项目拟解决香榧大而复杂基因组的测序以及组装难题,并通过基因组测序来解析香榧特色的生物学问题,所以要求供应商运用自己的专利技术解决以下技术难点:根据待测物种的体细胞基因组序列信息构建德布鲁因图的步骤,并对待测物种的生殖细胞的单细胞基因组进行测序;比对体细胞基因组的序列信息与生殖细胞的基因组的序列信息,找到体细胞基因组序列中的杂合位点的序列信息;以及根据杂合位点的序列信息,简化德布鲁因图。通过利用生殖细胞单细胞的基因组序列信息找出高杂合基因组中的杂合位点,并在简化德布鲁因图的时候进行辅助组装,解决在组装拼接中的杂合位点难以简化的问题,从而实现高杂合基因组的拼接组装。通过前期调研为了能更好的解决该基因组组装的难点,北京诺禾致源科技股份有限公司有以下技术专利可以利用,并有不同的策略来解决该复杂基因组组装问题: 1)基于BionNano和Pacbio数据打断gap分析软件[简称:GBBBP]V1.0 2)Hi-C-染色体三维结构构建软件[简称:Construct3D] V1.0 3)高杂合基因组的组装方法;ZL201410342295.0 4)近源物种基因组共线性区域鉴定及展示软件[简称:GenomeSynteny] V1.0 并为了保证较高的测序数据质量,为基因组和后续多组学研究提供更可靠的数据质量。要求供应商拥有illumina官方认证的服务商,并且具有 Digital PCR NG认证。 通过调研,前述的技术专利均为北京诺禾致源科技股份有限公司自主拥有,且满足illumina官方认证和 Digital PCR NG认证,目前其他公司不同时具备。因此,只有北京诺禾致源科技股份有限公司能够完成上述所有分析。 我们和北京诺禾致源科技股份有限公司多次的交流后,该公司提出了较为合理的技术和分析方案,大致的测序方案如下: 1, 材料选择:使用香榧的胚乳组织进行核酸提取及后续的相关测序。 2, 测序策略:搭配相应长度的DNA插入片段进行Pacbio三代测序,整体测序深度不低于100X,约1920G数据量;illumina二代小片段文库测序深度100X,约1920G数据量;辅助组装的Bionano测序深度60X,约1200G数据量;辅助组装HIC测序深度100X,约1920G数据量,并进行基因组的拼接组装,承诺基因组组装达到如下指标:连续片段Contig N50长度达到1M;并对该基因组进行相关生物信息分析。该方案利用胚乳进行核酸提取能够降低基因组的杂合度,从而降低基因组的组装难度。 经过与多家公司的比对,只有北京诺禾致源科技股份有限公司提出的基因组测序方案能够满足我们测序要求。 另外选择单一来源采购的原因还有以下方面: 1, survey调研:在前期进行基因组大小和复杂程度时,进行多家公司对比。北京诺禾致源科技股份有限公司,前后进行了3次survey调研,并进行了试测工作,对基因组的情况相对了解,并得到了与实验室流式实验相吻合的结果。 2, 项目保密角度:目前多个单位在开展裸子植物基因组项目,基于裸子植物的分析思路和相关方法避免出现竞争,希望本项目可以保密。 从项目的延续性以及保密方面,该项目只能选择北京诺禾致源科技股份有限公司来完成。 因此,希望通过单一来源方式采购。

八、 拟定供应商:

1、拟定供应商名称

北京诺禾致源科技股份有限公司

2、拟定供应商地址

北京市朝阳区酒仙桥北路甲10号院301号楼101

九、 论证专业人员信息及意见:

专业人员姓名专业人员职称专业人员工作单位
林文俊高级实验师福建农林大学
王昆助理研究员北京林业大学
孙尚伟高级工程师中国林科院

专业人员对供应商因专利、专有技术等原因具有唯一性的具体论证意见:(1) 诺禾致源与多家科研单位有非常广泛的合作。根据其已发表文章的水平和项目经验,在处理大基因组,高重复基因组领域,其软件调试,组装技术和能力都是最合适承担本项目的公司; (2) 诺禾致源跟该校已有合作基础,结果符合预期。迄今为止,诺禾致源参与农林相关项目50+。本次实验是已经合作实验的延伸及优化,前期有较好的合作基础; (3) 项目在前期调研时,综合考虑了各公司的能力,并进行了预实验,另外两个公司没有拿到符合课题组实验结果的结论,诺禾提出切实可行的执行方案,并拿到了准确的基因组概况,故认为诺禾具备实施本项目的能力; (4) 在后续项目执行中,诺禾提出了切实可行的项目实施方案及应急预案,可以较好的完成该项目的拼接组装,并对后面的生物学问题进行了诸多调研,方便后续双方配合项目迅速开展,同时诺禾的测序平台是国内通量最大,最多元化的,可以保证相对较短的项目周期,更好的保证项目文章的实时性。 综合考虑,建议本项目采用单一来源方式采购并由北京诺禾致源科技股份有限公司全部承担较为合理。

十、 其它事项:

1、本项目公告期限为5个工作日,供应商对该项目拟采用单一来源采购方式及其理由和相关需求有异议的,可以在公示期限内(截止时间为本公示发布之日后的第6个工作日),以书面形式向采购人及同级财政监管部门提出异议。

2、其他事项

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十一、 联系方式

采购人名称:浙江农林大学

联系人:客服人员

联系电话:0571-63740897

传真:0571-63740891

地址:临安区武肃街666号

同级政府采购监督管理部门名称:浙江省财政厅政府采购监管处

联系人:冯华/马瑞敏

监管部门电话:0571-87055741

传真:0571-87056984

地址:杭州市环城西路37号




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